教員情報 - 中村　建介 | 前橋工科大学

計算機を用いて、様々な角度から生命現象を明らかにして行く研究に取り組んでいます。生命現象のメカニズムを解明してゆく事は、我々の知的好奇心を満たすばかりでなく、医療、農学、新素材、エネルギー生産などへの幅広い応用が期待されています。
次世代シーケンサは、ほんの十年程前には巨大な資金と労力を必要とした塩基配列の解読を、一つの研究室レベルの予算と労力で行う事を可能にしました。しかし次世代シーケンサから得られる塩基配列は大量の断片で、このデータを生物学的に有為な目的に応用するためには、計算機を用いた情報学的な解析が不可欠です。実験グループとの共同により、DNA上のタンパク質認識配列（タンパク質結合領域）解読の為の新しい技術の開発を進めています。また、シーケンサから得られた断片配列を繋ぎ合わせるアセンブルについて、生の実験データから最大限の情報を抽出する為の技術の開発を進めています。
配列情報による分子進化や化合物合成系の解析、タンパク質と化学物質の相互作用を評価するための分子動力学計算など、これまでの手法の改良などを進めながら、生体を構成する化学物質の振る舞いを計算機上で再現し、可視化して行くための新たなフレームワークの構築に取り組んでいます。バイオインフォマティクスの世界では様々なプログラムが公開されており、初心者でも簡単に利用することも出来ますが、自分たちでプログラムを作って行くことで、他の人とは違う視点で現象を眺め、新しい発見につながる様な研究をしたいと考えています。

業績

■ 著書・論文歴

1.	2021/08/12	論文	複製開始に、複製開始点oriCにDNA結合タンパク質IHFが優先的に結合することを全ゲノム解析により明らかにする微生物学のフロンティア 12 （共著）
2.	2021/05/27	論文	Ultra-deep sequencing reveals dramatic alteration of organellar genomes in Physcomitrella patens due to biased asymmetric recombination 4 （共著）
3.	2021	論文	Flocculation Type and the Lg-FLO1 Gene of Bottom-Fermenting Yeast Are Derived from Top-Fermenting Yeast Journal of the American Society of Brewing Chemists 79(3),pp.306-313 （共著）
4.	2020	論文	Mutation and Deletion of PAD1 and/or FDC1 and Absence of Phenolic Off-flavor Production in Top and Bottom-Fermenting Yeasts Journal of the American Society of Brewing Chemists 78(1),pp.74-79 （共著）
5.	2018	論文	GeF-seq: A Simple Procedure for Base Pair Resolution ChIP-seq Bacterial Chromatin pp.33-47 （共著）
6.	2018	論文	Variations in mating-type-like(MTL)loci direct PCR-based tracking of Zygosaccharomyces strains formed by mating The Journal of general and applied microbiology 64(3),pp.127-135 （共著）
7.	2017/07/13	論文	Genome-wide Identification of ResD, NsrR, and Fur Binding in Bacillus subtilis during Anaerobic Fermentative Growth by in vivo Footprinting Journal of Bacteriology 199(13) （共著）
8.	2017	論文	マルトース発酵関連遺伝子のクローニングと染色体位置の決定（第２報）前橋工科大学研究紀要 (20),25-27頁（共著）
9.	2016	論文	Asymmetric induction in cyclohexadienones carrying alpha-d-glucopyranosyl moiety Tetrahedron 72(51),pp.8428-8435 （共著）
10.	2014	著書	高精度で結合領域を決定する　 - Gef-seq 実験医学別冊　「次世代シークェンス解析スタンダード-NGSのポテンシャルを活かし切るWET & DRY」（共著）
11.	2013	論文	Data Mining Methods for Omics and Knowledge of Crude Medicinal Plants toward Big Data Biology Computational and Structural Biotechnology Journal （共著）
12.	2013	論文	Efficacy Prediction of Jamu Formulations by PLS Modeling Current computer-aided drug design （共著）
13.	2013	論文	High-Resolution Mapping of In vivo Genomic Transcription Factor Binding Sites Using In situ Dnase I Footprinting and ChIP-seq DNA Research （共著）
14.	2013	論文	KNApSAcK-3D: A three-dimentional structure database of plant metabolites Plant and Cell Physiology （共著）
15.	2013	論文	Systematization of the protein sequence diversity in enzymes related to secondary metabolic pathways in plants, in the context of big data biology inspierd by the KNApSAcK Motorcycle databse Plant and Cell Physiology （共著）
16.	2012	論文	KNApSAcK family databases: integrated metabolite-plant species database Plant and Cell Physiology （共著）
17.	2012	論文	Prediction of operon-like gene clusters in the Arabidopsis thaliana genome Gene （共著）
18.	2011	論文	Sequence-specific error profile of Illumina sequencers Nucleic Acids Research （共著）
19.	2010	論文	Metabolomics of medicinal plants: the importance of multivariate analysis of analytical chemistry data Current Computer-Aided Drug Design （共著）
20.	2009	論文	A synthetic study on gymnastatins F and Q: the tandem Michael and aldol reaction approach Tetrahedron Letters （共著）
21.	2009	論文	KNApSAcK gene classification system for Arabidopsis thaliana: comparative genomics analysis of unicellular to seed plants Plant Biotechnology （共著）
22.	2009	論文	MetalMine: a database of functional metal-binding sites in proteins Plant Biotechnology （共著）
23.	2009	論文	Metamolic pathway prediction based on inclusive relation between cyclic structures Plant Biotechnology （共著）
24.	2009	論文	Predicting conformation of protein complexes by determining statistically significant domain-domain interactions Plant Biotechnology （共著）
25.	2007	論文	BAAQ: an infrastructure for application integration and knowledge discovery in bioinformatics Information Technology in Biomedicine （共著）
26.	2007	論文	Synthesis of Pinguisane-Type Sesquiterpenoids Acutifolone A, Pinguisenol and Bisacutifolones by a Diels-Alder Dimerization Reaction European Journal of Organic Chemistry （共著）
27.	2006	論文	Effective handling of induced-fit motion in flexible docking Proteins: Structure, Funtion and Bioinformatics （共著）
28.	2006	論文	Starting point to molecular design: Efficient automated 3D model builder Key3D Chemical and pharmaceutical bulletin （共著）
29.	2005	論文	Function and molecular evolution of multicopper blue proteins Cellular and Molecular Life Sciences （共著）
30.	2005	論文	Total synthesis of (+)-tanikolide, using regioselective elimination of a vicinal dibromoalkane Bulletin of the Chemical Society of Japan （共著）
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■ 学会発表

1.	2016/12/02	金属タンパク質データベースMetalMineの整備（第39回日本分子生物学会年会）
2.	2016/12/01	シーケンサー配列解析ソフトウェアmapsの開発とシーケンシングエラープロファイル解析（第39回日本分子生物学会年会）
3.	2015/12/01	次世代シーケンサーのベースコール精度の検証（第38回日本分子生物学会年会BMB2015）
4.	2015/03/06	Gef-seqに対応したマッピングプログラムおよびGUIの開発（第９回日本ゲノム微生物学会年会）

■ 研究課題・受託研究・科研費

2014/04～2017/03

機器の特性を考慮した次世代シーケンサー解析技術の高度化基盤研究(C)

■ 学歴

慶應義塾大学大学院理工学研究科化学専攻博士課程修了博士（理学）

■ 職歴

1.	2022/04～	前橋工科大学工学部情報・生命工学群教授
2.	2014/04～	前橋工科大学大学院工学研究科生命情報学専攻（修士課程）教授
3.	2014/04～	前橋工科大学大学院工学研究科環境・生命工学専攻（博士課程）教授
4.	2014/04～	前橋工科大学工学部生命情報学科教授
5.	2012/04～2014/03	前橋工科大学工学部生命情報学科准教授

■ 学内役職・委員

1.	2022/04/01～	前橋工科大学入試部長
2.	2021/04/01～2022/03/31	前橋工科大学入試委員長
3.	2019/04/01～2021/03/31	前橋工科大学図書・情報センター長
4.	2015/04/01～2019/03/31	前橋工科大学生命情報学科長

■ 所属学会

1.		ゲノム微生物学会
2.		日本バイオインフォマティクス学会
3.		日本化学会
4.		日本進化学会
5.		日本農芸化学会

その他

■ ホームページ

生命情報化学研究室