教員教育・研究情報 - 齋藤　大明

■ 社会における活動

1.	2018/10	コンピュータを用いた創薬研究の紹介
2.	2018/04～2018/04	コンピュータシミュレーションで見る生体分子の世界-コンピュータ創薬への挑戦-
3.	2017/10	コンピュータを用いた創薬研究の紹介
4.	2016/10	コンピュータを用いた創薬研究の紹介
5.	2015/11	コンピュータシミュレーションでみるナノ材料の世界
6.	2015/08	原子・分子の運動をコンピュータで覗いてみよう
7.	2014/11	生体系のコンピュータ・シミュレーション ~コンピュータで見る生体分子の世界〜
8.	2012/08	原子・分子の運動をコンピュータで覗いてみよう
9.	2010/08	原子・分子の運動をコンピュータで覗いてみよう
10.	2003/12	障害者のためのパソコン講習会
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■ 教育上の能力

●教育に関する発表
1.	2021/09	学生の自習・復習を促す授業アーカイブシステム構築への取り組み

■ 研究課題・受託研究・科研費

1.	2020/04～2022/03	生体膜に会合する化学コミュニケーション分子の機能解明と計算分子設計技術の開発新学術領域研究(研究領域提案型)
2.	2019/04～2023/03	リン脂質フリップを誘起する膜貫通ペプチドの計算分子設計科学研究費補助金基盤研究(C), (研究代表者)
3.	2018/04～2020/03	深層学習と分子シミュレーションを用いた計算分子設計新学術領域研究(研究領域提案型), (研究代表者)
4.	2016/03～2019/03	機械学習と分子シミュレーションの連帯による標的型分子ドッキング法の開発科学研究費補助金基盤研究(C), (研究代表者)
5.	2014/04～2016/03	ドッキングと分子シミュレーションの連帯によるタンパク質複合体の高精度構造予測科学研究費補助金新学術領域研究(研究領域提案型), (研究代表者)
6.	2011/04～2013/03	分子シミュレーションによる膜タンパク質の分子透過性に関する理論的研究科学研究費補助金若手研究(B), (研究代表者)
7.	2008/04～2011/03	マルチスケール・マルチフィジックス現象の統合シミュレーション：DDSシミュレータの研究開発 CREST (分担）
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■ 講師・講演

1.	2022/03/15	コンピュータシミュレーションで見る生体分子の世界-コンピュータを用いた創薬への挑戦-
2.	2018/04/21	コンピュータシミュレーションで見る生体分子の世界-コンピュータ創薬への挑戦-
3.	2018/02/13	分子シミュレーションを用いた計算創薬研究
4.	2017/06/21	分子シミュレーションを用いた生体分子の動的構造と機能解析
5.	2015/09	NAMDの概要と計算・解析のノウハウ
6.	2013/07/14	生体系の分子動力学シミュレーション
7.	2012/07/03	生体分子の分子シミュレーション
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■ 学会発表

1.	2024/03/30	分子シミュレーションを用いたHCov229E 3CLプロテアーゼとイソフラボン化合物の複合体構造解析（日本薬学会第144年会）
2.	2024/03/30	分子動力学シミュレーションを用いたフラボノイドとチロシナーゼの結合解析（日本薬学会第144年会）
3.	2024/03/30	分子動力学シミュレーションを用いた脂質フリップを誘起する膜貫通ペプチド二量体の膜内構造解析（日本薬学会第144年会）
4.	2023/08/20	反転授業/ピア・インストラクション/協働学習を導入した物理化学講義における学生の関与実態と自己認識に基づく学習内容の理解度調査（第8回薬学教育学会）
5.	2023/05/11	分子動力学シミュレーションを用いた脂質フリップを誘起する膜貫通ペプチドの膜内構造解析（令和5年度新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム）
6.	2023/03/04	反転授業/ピア・インストラクション/協働学習を導入した物理化学講義の実践報告（大学教育改革フォーラムin東海2023）
7.	2022/11/20	分子シミュレーションを用いた機能性分子の膜内構造と機能解明（日本薬学会北陸支部第134回例会）
8.	2022/10/15	初年次生のための学修支援体制の構築と実践（初年次教育実践交流会in北陸）
9.	2022/07/09	分子動力学シミュレーションを用いたヘロナミド類の膜内構造と凝集性（化学コミュニケーションのフロンティア取りまとめシンポジウム（第１０回公開シンポジウム））
10.	2022/05	Brd4分解誘導剤MZ1を基盤とした三価PROTACテンプレートの設計と合成、活性評価（日本ケミカルバイオロジー学会第16回年会）
11.	2022/03	１年次生に実習レポートの書き方をイメージさせるには（日本薬学会第１４２会年会）
12.	2022/03	コロナチン立体異性体フォーカスドライブラリーを用いたジャスモン酸受容体サブタイプ選択的リガンドの開発（日本農芸学会2022）
13.	2022/03	ハイフレックス教室と連携した授業アーカイブシステムの構築と利用調査（日本薬学会第１４２会年会）
14.	2022/03	初年次前期から学術論文を楽しく調査させるには（第28回大学教育研究フォーラム）
15.	2021/12	Dynamical structure and thermal stability of polyene macrolactam heronamides in lipid bilayer: A molecular dynamics study（The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021［PACIFICHEM2021］, Chemical Communications through Natural and Synthetic Bioactive Compounds (#79)）
16.	2021/12	分子動力学シミュレーションを用いたヘロナミド類の膜内構造と結合特性（第35回分子シミュレーション討論会）
17.	2021/09	植物ホルモン-受容体相互作用に寄与する拡張デグロン配列の同定（第15回バイオ関連化学シンポジウム）
18.	2021/03/27	学生の自習・復習を促す授業アーカイブシステム構築への取り組み（日本薬学会第１４１回年会）
19.	2020/12/16	分子動力学シミュレーションを用いたヘロナミド類の膜内構造と安定性（化学コミュニケーションのフロンティア第2回領域リトリート）
20.	2020/07/01	生体膜に会合する化学コミュニケーション分子の機能解明と計算分子設計技術の開発（化学コミュニケーションのフロンティア第7回公開シンポジウム（誌上シンポジウム））
21.	2019/01/09	Dynamical structure and thermal stability of polyene macrolactam heronamide C and A in lipid bilayer: a molecular dynamics study（The 1st International Symposium on Chemical Communication (ISCC2019)）
22.	2018/10/09	分子シミュレーションを用いたシトクロムP450(CYP3A4)に対する薬剤代謝部位予測（CBI学会2018年大会）
23.	2018/09/11	分子シミュレーションを用いたシトクロムP450(CYP)に対する薬物代謝部位予測（第１２回分子分子科学討論会）
24.	2018/07/31	Molecular dynamics study on the free energy profiles of lipid translocation across binary POPC bilayer mixtures（XXIX IUPAP Conference in Computational Physics (CCP2018)）
25.	2018/06/27	深層学習と分子シミュレーションを用いた計算分子設計（新学術領域研究（研究領域提案型）「化学コミュニケーションのフロンティア」第3回公開シンポジウム）
26.	2017/12/01	分子シミュレーションを用いたシトクロムP450(CYP)に対する薬物代謝部位予測（第31回分子シミュレーション討論会）
27.	2017/09/12	Molecular dynamics study of mixed POPC bilayers: condensing effect on lipid structure and dynamics（第１１回分子科学討論会）
28.	2016/10/25	Prediction of sites of metabolism of compounds for CYP1A2 by combined molecular simulations（CBI学会2016年大会）
29.	2015/09/17	誘導適合分子ドッキング法による基質−タンパク質の結合構造予測（第９回分子科学討論会）
30.	2014/09/25	フレキシブルモデルを用いた分子ドッキング法の開発（題８回分子科学討論会）
31.	2014/05/20	Molecular docking study of protein-ligand system（International Symposium on Computational Science, (ISCS2014)）
32.	2014/03/27	分子動力学法によるグラミシジンAの膜内安定性（日本化学会第94春季年会）
33.	2013/09/24	脂質二重層膜におけるグラミシジンAの静電ポテンシャル特性と電場応答（第7回分子科学討論会）
34.	2012/09/18	脂質二重層膜におけるグラミシジンAの構造と圧力特性（第６回分子化学討論会）
35.	2012/05/15	Molecular dynamics study of gramicidin A in lipid bilayer: structure and lateral pressure profile（The 5th International Symposium on Computational Sciences (ISCS) 2012）
36.	2011/09/20	グラミシジンAを添加した脂質二重層膜の分子動力学シミュレーション（第５回分子科学討論会）
37.	2010/09	全原子モデルによるアズリン－シトクロム複合体の結合自由エネルギー評価（第４回分子科学討論会）
38.	2009/12	全原子型シミュレーションによる球状タンパク質の水和特性評価（第２３回分子シミュレーション討論会）
39.	2009/09	分子動力学法による球状タンパク質の水和特性評価（第４回分子科学討論会）
40.	2008/03	生体膜の構造とダイナミクス（第４０回人工知能学会分子生物情報研究会）
41.	2007/09/17	含フッ素脂質二重膜の構造と自由エネルギー解析（第1回分子科学討論会）
42.	2003/06/10	老人性白内障の視覚特性を考慮した画像表示技術の開発（平成16年度日本設備管理学会春季発表大会）
43.	2002/09	Parrinello-Rahman CMD法による固体パラ水素,オルト重水素のフォノン物性研究（日本物理学会2002年秋季大会）
44.	2002/04	Parrinello-Rahman CMD法による固体パラ水素,オルト重水素のフォノン物性研究（第６回理論化学討論会）
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■ 委員会・協会等

1.	2022/12～2023/12	ワークショップ「レア・イベントの計算科学」実行委員会委員
2.	2016/10～2021/09/30	分子シミュレーション研究会研究会誌「アンサンブル」編集委員
3.	2010/04～2011/03	日本生物物理学会北陸地区編集委員

■ 現在の専門分野

ケミカルバイオロジー, 計算科学, 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理, 基礎物理化学, 薬系分析、物理化学　（キーワード：自由エネルギー、分子ドッキング、機械学習、モンテカルロシミュレーション、分子動力学シミュレーション、生体膜、計算創薬、計算機シミュレーション、分子シミュレーション、シミュレーション、分子動力学法、モンテカルロ法、タンパク質）

■ 著書・論文歴

1.	論文	Discovery of a cystathionine γ-lyase (CSE) selective inhibitor targeting active-site pyridoxal 5′-phosphate (PLP) via Schiff base formation Scientific Reports 13(16456) （共著） 2023/09/30
2.	論文	反転授業 / ピア・インストラクション / 協働学習を導入した物理化学講義の実践報告北陸大学紀要 (55),19-37頁（共著） 2023/09
3.	論文	Subtype-selective agonists of plant hormone co-receptor COI1-JAZs identified from the stereoisomers of coronatine COMMUNICATIONS BIOLOGY 6(320),1-9頁（共著） 2023/03/25
4.	論文	Molecular dynamics study of lipid bilayer asymmetry induced by ion concentration gradient and electronic polarizability Molecular Simulation 48(6),477-483頁（共著） 2022/02/02
5.	論文	Design, Synthesis, and Antifungal Activity of 16,17- Dihydroheronamide C and ent-Heronamide C The Journal of Organic Chemistry 86(23),pp.16249-16258 （共著） 2021/11/16
6.	論文	Extended JAZ degron sequence for plant hormone binding in jasmonate co-receptor of tomato SlCOI1-SlJAZ Scientific Reports 11,13612頁（共著） 2021/06/30
7.	論文	学生の自習・復習を促す授業アーカイブシステム構築への取り組み北陸大学紀要 (51),1-15頁（共著） 2021/03
8.	論文	Structural Feature of Lipid Scrambling Model Transmembrane Peptides: Same-Side Positioning of Hydrophilic Residues and Their Deeper Position J. Phys. Chem. Lett. 11(5),1662-1667頁（共著） 2020
9.	論文	Free energy profiles of lipid translocation across pure POPC and POPC/CHOL bilayer: all-atom molecular dynamics study IOP Conf. Series: Journal of Physics: Conf. Series (1290),pp.012020 （共著） 2019/11
10.	論文	Quantum chemical analysis of reaction indices and reaction path for drug molecules IOP Conf. Series: Journal of Physics: Conf. Series (1290),012021頁（共著） 2019/11
11.	論文	Oxygen reduction reaction of FeN4 center embedded in graphene and carbon nanotube: Density functional calculations AIP Advances 8,pp.115113 （共著） 2018/11
12.	論文	A rationally designed JAZ subtype-selective agonist of jasmonate perception NATURE COMMUNICATIONS 9(3654),pp.1-13 （共著） 2018
13.	論文	Cholesterol blocks spontaneous insertion of membrane proteins into liposomes of phosphatidylcholine The Journal of Biochemistry 163(4),pp.313-319 （共著） 2018
14.	論文	Effects of Hydrophilic Residues and Hydrophobic Length on Flip-Flop Promotion by Transmembrane Peptides J. Phys. Chem. B 122,pp.4318-4324 （共著） 2018
15.	論文	Molecular dynamics study of binary POPC bilayers: molecular condensing effects on membrane structure and dynamics IOP Conf. Series: Journal of Physics: Conf. Series (1136),pp.012022 （共著） 2018
16.	論文	A Novel Nuclear Receptor Ligand, Digoxigenin, is a Selective Antagonist of Liver-X-receptors CHEMISTRY LETTERS 46(3),313-314頁（共著） 2017/03
17.	論文	A simple coarse-grained model for interacting protein complex MOLECULAR PHYSICS 115(5),587-597頁（共著） 2017
18.	論文	Decomposition analysis of free energy profile for Hsp90-ADP association MOLECULAR SIMULATION 42(11),pp.896-901 （共著） 2016
19.	論文	Dual function of coronatine as a bacterial virulence factor against plants: possible COI1–JAZ- independent role RSC Adv. 6(23),pp.19404-19412 （共著） 2016
20.	論文	Tuning the work function of graphene with the adsorbed organic molecules: first-principles calculations MOLECULAR PHYSICS 114(40),pp.2993-2998 （共著） 2016
21.	論文	A hybrid type approach with MD and DFT calculations for evaluation of redox potential of molecules”, Molecular simulation Molecular simulation 41,pp.936-941 （共著） 2015
22.	論文	Molecular Dynamics Study of Gramicidin A in Lipid Bilayer: Electrostatic Map and Ion Conduction JPS Conf. Proc. pp.012053 （共著） 2014
23.	論文	Molecular Dynamics Study of Hsp90 and ADP: Hydrogen Bond Analysis for ADP Dissociation JPS Conf. Proc. pp.012056 （共著） 2014
24.	論文	Network of water molecules around guanine nucleotide in the Hras-GTP and -GDP complexes by MD simulations JPS Conf. Proc. pp.016006 （共著） 2014
25.	論文	Protein-protein interactions of Azurin complex in liquid system JPS Conf. Proc. pp.012054 （共著） 2014
26.	論文	Π-stacking Interaction between Heterocyclic Rings in a Reaction Field of Biological System JPS Conf. Proc. pp.012055 （共著） 2014
27.	論文	A molecular dynamics study of Hras-GTP and GDP complexes: the properties of water molecules around guanine nucleotide AIP Conf. Proc 1518,pp.594-597 （共著） 2013
28.	論文	Analysis of water molecules in the Hras-GTP and GDP complexes with molecular dynamics simulations Progress in Theoretical Chemistry and Physics 27,pp.351-360 （共著） 2013
29.	論文	Conformational Stability of Met20 Loop of DHFR:A molecular Dynamics Study AIPConf. Proc. 1518,pp.654-657 （共著） 2013
30.	論文	Evaluation of scoring functions for protein-ligand docking AIP Conf. Proc. 1518,pp.645-648 （共著） 2013
31.	論文	Molecular Dynamics Simulations of the Hras-GTP complex and the Hras-GDP complex Int. J. Quantum Chem. 113,pp.2333-2337 （共著） 2013
32.	論文	Molecular dynamics studies of Hsp90 with ADP: protein-ligand binding dynamics AIP Conf. Proc. 1518,pp.637-640 （共著） 2013
33.	論文	Molecular Dynamics Study of Electrostatic Potential along Lipid Bilayer with Gramicidin A AIP Conf. Proc. 1518,pp.633-636 （共著） 2013
34.	論文	Molecular Dynamics Study on Binding Free Energy of Azurin–Cytochrome c551 Complex Chem. Phys. Lett. 556,pp.297-302 （共著） 2013
35.	論文	Molecular Dynamics Study on Entrainment Phenomenon in Model Molecular Systems AIP Conf. Proc. 1518,pp.729-732 （共著） 2013
36.	論文	Molecular dynamics study on the free energy profile for dissociation of ADP from N-terminal domain of Hsp90 Chem. Phys. Lett. 588,pp.226-230 （共著） 2013
37.	論文	Theoretical Model for Assessing Properties of Local Structures in Metalloprotein AIP Conf. Proc. 1518,pp.626-629 （共著） 2013
38.	論文	Transition State Analysis of Azurin via Go-like Model AIP Conf. Proc. 1518,pp.641-644 （共著） 2013
39.	論文	Cell penetrating peptide induces various deformations of lipid bilayer membrane: inverted micelle, double bilayer and trans-membrane Int. J. Quantum Chem. 112,pp.178-183 （共著） 2012
40.	論文	Free energy of cell-penetrating peptide through lipid bilayer membrane: coarse-grained model simulation Progress in Theoretical Chemistry and Physics 26,pp.503-511 （共著） 2012
41.	論文	Molecular dynamics analyses of the dissociation process of ADP from Hsp90 Int. J. Quantum Chem. 112,pp.3791-3795 （共著） 2012
42.	論文	Molecular dynamics studies of lipid bilayer with gramicidin A: effects of gramicidin A on membrane structure and hydrophobic match Int. J. Quantum Chem. 112,pp.161-170 （共著） 2012
43.	論文	Molecular Dynamics Study of Glutathione S-transferase: Structure and Binding Character of Glutathione Progress in Theoretical Chemistry and Physics 26,pp.545-553 （共著） 2012
44.	論文	Molecular dynamics study of gramicidin a in lipid bilayer: Structure and lateral pressure profile Int. J. Quantum Chem. 112,pp.3834-3839 （共著） 2012
45.	論文	Solvation effect on the structural change of globular protein: a molecular dynamics study Int. J. Quantum Chem. 112,pp.344-350 （共著） 2012
46.	論文	The potentials of the atoms around Mg2+ in the H-ras GTP complex and in the H-ras GDP complex Progress in Theoretical Chemistry and Physics 26,pp.525-543 （共著） 2012
47.	論文	Cholesterol Effect on Water Permeability through DPPC and PSM Lipid Bilayers: A Molecular Dynamics Study JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 115(51),pp.15241-15250 （共著） 2011
48.	論文	Domain motions of Klenow-like DNA polymerase I ITB-1 in the absence of substrate Int. J. Integ. Bio. 9,pp.104 （共著） 2010
49.	論文	Hydration property of globular proteins: An analysis of solvation free energy by energy representation method Chemical Physics Letters 497,pp.218-222 （共著） 2010
50.	論文	合成脂質膜の分子シミュレーション - フッ素化脂質分子シミュレーション研究会会誌アンサンブル 11(4),22-25頁（共著） 2009/04
51.	論文	Fluorination Effects on Structure and Dynamics of Phospholipid Bilayer: A Molecular Dynamics Study Chem. Phys. Lett 468,pp.260 （共著） 2009
52.	論文	Molecular Dynamics Simulations of Ionic Liquids: Cation and Anion Dependence of SelfDiffusion Coefficients of Ions J. Phys. Chem. B 113,pp.10641-10649 （共著） 2009
53.	論文	Enhanced Hydrophobicity of fluorinated lipid bilayer: a molecular dynamics study J. Phys. Chem. B 112,pp.11305 （共著） 2008
54.	論文	Electronic structure of the active site with two configurations of azurin Int. J. Quantum Chem. 105,pp.588-587 （共著） 2005
55.	論文	Theoretical study on local backbone dynamics of Cupredoxin AIP conference proceedings 708,pp.360-361 （共著） 2004
56.	論文	Theoretical study on vibrational dynamics of Cupredoxin AIP conference proceedings 708,pp.362-363 （共著） 2004
57.	論文	A QM/MM molecular dynamics study of a dynamical change in effective charge on Be atom in (Be+nH(2))@C-60 Synthetic Metals 135,pp.765-766 （共著） 2003
58.	論文	Molecular collective dynamics in solid para-hydrogen and ortho-deuterium: The Parrinello-Rahman-type path integral centroid molecular dynamics approach J. Chem. Phys 119,pp.953 （共著） 2003
59.	論文	Structural phase transition and molecular collective dynamics in solid para-hydrogen: The Parrinello-Rahman-type path integral centroid molecular dynamics study Recent Res.Devel.Chem.Physics 4,pp.93-124 （共著） 2003
60.	論文	Theoretical study on intermolecular charge transfer by ab-initio molecular dynamics Synthetic Metals 121,pp.1788-1789 （共著） 2003
61.	論文	Estimation of transfer matrix of AgO system Molecular Crystals and Liquid Crystals 379,pp.519-524 （共著） 2002
62.	論文	Field-induced superconductivity Molecular Crystals and Liquid Crystals 379,pp.495-500 （共著） 2002
63.	論文	First-order Raman spectra and lattice dynamics of NdGaO3 crystal Phys. Rev. B 66,pp.174302 （共著） 2002
64.	論文	Laser control of proton motion in malonaldehyde molecule Journal of Molecular Structure 615,pp.13-22 （共著） 2002
65.	論文	Molecular dynamics simulation of metal oxides including Ag Molecular Crystals and Liquid Crystals 379,pp.501-506 （共著） 2002
66.	論文	Quantum bits with electric charges by Josephson junction Molecular Crystals and Liquid Crystals 379,pp.561-566 （共著） 2002
67.	論文	Theoretical study on selective transition toward the control of chemical reaction by laser field Recent Research Developments in Quantum Chemistry 3,pp.211-244 （共著） 2002
68.	論文	Quantum spin dynamics of antiferromagnetic ring with central excess spin Synthetic Metals 121,pp.1788-1789 （共著） 2001
69.	論文	Theoretical study on dependence of hyperpolarizability of one-dimensional ring system on the delocalization transition Int. J. Quantum Chem. 84,pp.686-693 （共著） 2001
70.	論文	Theoretical study on field-induced superconductivity in molecular crystal Int. J. Quantum Chem. 84,pp.608-618 （共著） 2001
71.	論文	Theoretical study on magnetic quantum tunneling of anisotropic spin systems with magnetic field Synthetic Metals 121,pp.1784-1785 （共著） 2001
72.	論文	Lattice dynamics and temperature dependence of the first-order Raman spectra for PbMoO4 crystal JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN 69(2),464-472頁（共著） 2000
73.	その他	有機化学者が計算化学者に助けてもらってリガンド-受容体間ドッキングシミュレーションによる分子設計に成功するまで分子シミュレーション学会誌"アンサンブル" 21(3),196-203頁（共著） 2019/07
74.	その他	分子ドッキング法を用いたリガンド結合構造予測と分子認識分子シミュレーション研究会会誌アンサンブル 17(2),77-82頁（単著） 2015/04
75.	その他	NAMDを用いたタンパク質の分子動力学法高分子 64,153-155頁（単著） 2015/03
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■ 取得特許

1.	2009/02/08	水素吸着材料1（特願2008-029201）
2.	2008/02/08	水素吸着材料2（特願2008-029113）

■ 所属学会

1.		CBI(シービーアイ）学会
2.		日本ケミカルバイオロジー学会
3.		日本生物物理学会
4.		分子シミュレーション研究会
5.		分子科学会

■ 学歴

1.	1994/04～1998/03	東北学院大学工学部応用物理学科卒業
2.	1998/04～2000/03	弘前大学大学院理学研究科修士課程物理学専攻修士課程修了
3.	2000/04～2003/03	金沢大学大学院自然科学研究科数理情報科学専攻博士課程修了

■ 職歴

1.	2003/04～2005/03	金城大学社会福祉学部特別研究員
2.	2005/04～2008/03	産業技術総合研究所計算科学研究部門粒子モデリンググループ特別研究員
3.	2008/04～2016/03	金沢大学理工研究域数物科学系助教
4.	2016/04～2020/03	理化学研究所生命機能科学研究センター計算分子設計研究チーム研究員
5.	2020/04～	北陸大学薬学部薬学科准教授

■ 科研費研究者番号

40506820